В принципе все можно делать из командной строки. Но IDE приятней :)
Перепробовав много чего, советую Eclipse (правда памяти жрет, уууу)
Рецепт такой:
ставим avr-gcc и все зависимости, которые он за собой потянет.
Ставим программатор avrdude
Ставим eclipse
ставим среду разработки Eclipse для C и CPP (по умолчанию только java)
Для этого идем в Help->Install New Software... там кнопочку Add и адрес среды
http://download.eclipse.org/tools/cdt/releases/galileo
Там же добавляем адрес плагина для avr
http://avr-eclipse.sourceforge.net/updatesite/
устанавливаем оба плагина - теперь можно создавать проекты для AVR
File-New Project - C Project - AVR Cross Target Application
Вот и все :) Компилируем Ctrl+B, заливаем прошивку в устройство - Ctrl+Alt+U
